Քննչական կոմիտեի ֆինանսավորումն իրականացվում է պետական բյուջեով նախատեսված միջոցների հաշվին: Քննչական կոմիտեի բյուջետային հայտը Հայաստանի Հանրապետության կառավարությունն ընդունում և ընդգրկում է պետական բյուջեի նախագծում, իսկ առարկությունների դեպքում այն պետական բյուջեի նախագծի հետ ներկայացվում է Ազգային ժողով: Հայաստանի Հանրապետության կառավարությունը Ազգային ժողով և քննչական կոմիտե է ներկայացնում բյուջետային հայտի վերաբերյալ առարկությունների մանրամասն հիմնավորումները:
Քննչական կոմիտեի բնականոն գործունեության ապահովման համար չկանխատեսված ծախսերի ֆինանսավորման նպատակով նախատեսվում է քննչական կոմիտեի պահուստային ֆոնդ, որը ներկայացվում է բյուջեի առանձին տողով: Պահուստային ֆոնդի մեծությունը հավասար է տվյալ տարվա պետական բյուջեի մասին օրենքով քննչական կոմիտեի ծառայողների և քննչական կոմիտեի դեպարտամենտում ծառայողների աշխատավարձի միասնական ֆոնդի երկու տոկոսին:Պահուստային ֆոնդից հատկացումները կատարվում են քննչական կոմիտեի նախագահի որոշմամբ:
