Բուսասանիտարիայի խնդիրներն են՝
1) Հայաստանի Հանրապետության տարածքում բույսերի կարանտին և կարգավորվող ոչ կարանտին վնասակար օրգանիզմների հայտնաբերումը և ոչնչացման կազմակերպման վերահսկողությունը.
2) Հայաստանի Հանրապետության տարածք բույսերի կարանտին վնասակար օրգանիզմների ներթափանցման և տարածման կանխարգելումը՝ բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների զննման, փորձաքննության համար նմուշառման և բույսերի պաշտպանության նպատակով միջոցառումների իրականացումը.
3) բուսասանիտարական կանոնների և նորմերի պահպանումը` բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների ներմուծման, արտահանման, վերաարտահանման և տարանցիկ փոխադրման ժամանակ.
4) բույսերի, բուսական արտադրանքի և կարգավորվող առարկաների արտադրության և վերամշակման ընթացքում, ինչպես նաև Հայաստանի Հանրապետության տարածքում գործող իրացման կետերում բուսասանիտարական կանոնների և նորմերի պահպանման վերահսկողությունը.
5) բույսերի վնասակար օրգանիզմների զանգվածային բազմացումն ու տարածումը ժամանակին կանխատեսելու, ախտորոշելու և կանխարգելու նպատակով միջոցառումների իրականացումը.
6) գյուղատնտեսական, գեղազարդային մշակաբույսերի, անտառի բուսասանիտարական վիճակի բարելավման, օրգանական բերքի ստացման, շրջակա միջավայրին, բուսական և կենդանական աշխարհին սպառնացող վնասի բացառման ապահովումը:
